生态学科群目前有5个各具特色的研究方向，包括：西南植被格局与生物多样性保护、西南山地物种分化与形成机制、早期生物演化与环境/生态适应、高原山地污染、退化及生态修复和西南高原山地跨境生态安全。目前拥有国家级，教育部以及省级重点实验室、工程中心多个，2020年生态环境学院又新添一个省级重点实验室。
近5年，学科群科研成果丰硕，学科群获得国家自然科学基金资助100余项，国家级重点攻关项目10余项，各层次人才项目多项。2020年张喜光和侯先光老师获国家自然科学二等奖1项，各科研团队获得省、部级奖励多达十几项。高水平论文逐年增长，发表SCI论文数百篇，其中不乏高水文章，陈明勇教授课题组在《Science》上发表文章，揭示了大坝建设对亚洲象种群的隔离效应。云南大学生态与环境学院赵大克副教授与美国德克萨斯大学Russel J. Reiter教授合作，在国际植物学领域顶级学术期刊Trends in Plant Science发表了题为“Phytomelatonin: an emerging regulator of plant biotic stress resistance”的文章。该论文系统总结了褪黑素增强植物生物逆境胁迫抗性的功能、分子机制及演化路径，并提出了褪黑素在今后农业生产中的应用潜力。
